El museo posee cinco salas, en las que exhibe una colección de objetos arqueológicos hallados en la explanada de Qorikancha tales como ceramios, objetos líticos y metalúrgicos, así corno cráneos con trepanaciones craneanas y momias. También se puede apreciar maquetas de lo que pudo haber sido el Qorikancha en su época de apogeo.

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